Thiếu vitamin B6 trầm trọng là rất hiếm.
Các nghiên cứu đã chỉ ra rằng thiamine cần thiết cho sự chuyển hóa và chức năng thích hợp của vitamin B6. Do đó, những người nghiện rượu cũng bị thiếu thiamine do chế độ ăn uống thấp có nguy cơ cao nhất cũng bị ảnh hưởng của sự thiếu hụt vitamin B6.
Một số nghiên cứu đã ghi nhận điện não đồ bất thường (EEG) khi thiếu vitamin B6. Các triệu chứng thần kinh khác xảy ra khi thiếu hụt trầm trọng là khó chịu, trầm cảm, và sự nhầm lẫn. Các triệu chứng khác bao gồm viêm lưỡi (viêm lưỡi), vết loét hoặc vết loét ở miệng, và rhagades (vết nứt và vết loét) ở khóe miệng.