Mụn cóc do vi rút có thể được phân loại như sau:
Không có xu hướng thoái hóa
- Verruca vulgaris (mụn cơm âm hộ; HPV 1, 2, 3, 4).
- Verruca plantaris (từ đồng nghĩa: Plantar wart, deep plantar wart / foot wart, Myrmecia; HPV 1, 4).
- Verruca plana (mụn cơm phẳng; HPV 3, 10, 28, 41).
- Mụn cóc khảm (HPV 2)
- dạng sợi mụn cóc (mụn cóc dạng mỏng, dạng sợi; HPV 7; thường gặp ở hàng thịt).
- Tăng sản biểu mô khu trú (HPV 13, 32).
- U nhú kết mạc (HPV 6, 11) - u nhú trên kết mạc.
Với xu hướng thoái hóa
- Epidermodysplasia verruciformis (EV; từ đồng nghĩa: loạn sản Lewandowsky-Lutz; Lutz-Lewandowsky biểu bì verruciformis; phẳng mụn cóc (HPV 5, 8, 9, 12, 14, 15, 17, 19, 20, 21, 47) - bệnh di truyền gen lặn trên cơ thể cực kỳ hiếm gặp (di truyền da bệnh).
- Condyloma acuminatum (từ đồng nghĩa: u nang ren / u nhú đỉnh, u nhú nhọn, mụn cóc sinh dục /sốt mụn cóc, ướt núm vú, và mụn cóc ở bộ phận sinh dục; HPV 6, 11, 40, 42, 43, 44).
- Condyloma planum (u xơ phẳng; HPV 6, 11, 16, 18, 31, v.v.)
- Khối u khổng lồ (HPV 6, 11)
- U nhú thanh quản (6, 11) - u nhú ở vùng thanh quản.
- U nhú ruột (HPV 16, 18).
- Bệnh tân sinh trong biểu mô cổ tử cung (HPV 16, 18, 31, 45).
